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宏基因组测序
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宏基因组测序—环境微生物研究
宏基因组学(Metagenomics),又称元基因组学,是以特定生境中的整个微生物群落作为研究对象,无需分离培养,直接提取环境样本DNA进行测序,研究环境微生物的群落 结构、物种分类、系统进化、基因功能及代谢网络等,已广泛应用于微生物领域。
应用方向

🍒人体或动物微生态及其与疾病关联:
如肠道菌群,皮肤菌群,口腔菌群,肥胖、糖尿病、癌症等患者肠道微生物;
自然环境微生态:
如作物根系或受污染等土壤微生物,海洋、冰川、污水等水体微生物;
工业环境微生态:
如食品发酵液、酸性工业废水、污泥处理器等微生物多样性,以及产甲烷菌、硝化 / 反硝化细菌的功能基因研究。
食品或药品的微生物安全检测。
信息分析

分析内容=标准分析+高级分析。
以特定生境中的整个微生物群落作为研究对象,直接提取群落样本的DNA,采用二代测序技术,获得群落微生物基因信息总和。
分析内容 解决问题
测序数据质量评估 过滤掉低质量数据,保证数据质量
基因预测 基因预测及相关性分析
物种、功能注释 物种、基因功能注释及相关分析
CARD 耐药基因相关分析
 
高级分析 解决问题
CAG/MLG分析 疾病和菌株关联研究
噬菌体 噬菌体及前噬菌体预测及分析
送样建议

 

样本类型 建议送样量 最低送样量
土壤/污泥/沉积物/腐殖质 3g 1g
水体滤膜🎲(孔径 0.22-0.45μm/直径 3-4cm) 3张 1张
空气滤膜(直径种类多,与采样器搭配,有明显颜色沉淀在滤膜上) 3张 1张
拭子 5-10个 3个
瘤胃液/发酵液/组织液/冲洗液(离心有明显沉淀) 3-5mL,沉淀1g 1mL,沉淀0.5g
粪便/肠道内容物 2g(小鼠6-10粒) 0.5g(小鼠3粒)
动物/人组织 1g 0.5g
牛奶/酸奶 30mL/50g 10mL/5g
食糜 2g 1g
食品表面拭子 10个 5个